《規程》中計算各月平均權益投資的賬面金額和會計報表上的所有者權益賬面投資金額是存在一定差別的。根據《規程》第八十六條規定：稅收上的權益投資的賬面余額應按如下方法確定：
1、在盈余公積和未分配利潤之和大于零的情況下，稅收上的權益投資為企業資產負債表所列示的所有者權益金額。
2、在盈余公積和未分配利潤之和小于零，但資本公積和實收資本項目均大于零的情況下，所有者權益就小于實收資本（股本）與資本公積之和，此時稅收上的權益投資為實收資本（股本）與資本公積之和。
3、如果盈余公積和未分配利潤之和小于零，且資本公積也小于零，此時實收資本（股本）與資本公積之和小于實收資本（股本）金額，則稅收上的權益投資為實收資本（股本）金額。
二、非關聯方借款利息扣除計算的原則
對于向非關聯方支付的利息支出的扣除，企業只要遵循《企業所得稅法實施條例》第二十七條和第三十八條的規定進行相關性和合理性審核，符合相關性和合理性的利息支出就可以在稅前扣除。重點關注的是非金融企業向非金融企業借款的利息支出，只有不超過按照金融企業同類同期貸款利率計算的部分允許在稅前扣除。
三、關聯方借款利息扣除計算的原則
對于企業向關聯方借款的利息支出，我們應按如下圖表的步驟來確認關聯方利息支出稅前扣除的金額。
第一步：進行相關性審核。對于企業向關聯方借款發生的利息支出，只有與企業取得的收入是直接相關的，才允許稅前扣除。不相關的部分，首先在第一步就要進行納稅調整。
第二步：對于符合相關性的關聯方借款利息支出，進行第二步的合理性審核。這里的合理性審核是一個大的原則。獨立交易原則和防范資本弱化的債資比例審核都是合理性審核的內容。在合理性審核的大原則上，我們對于關聯方利息支出審核又分兩步進行：
第一：利息支出水平的合理性審核。在這一步，我們應對企業向關聯方支付的利息支出水平是否合理首先進行審核。其中，對于利息部分，重點是審查是否符合《企業所得稅法實施條例》第三十八條的規定，特別是向非金融企業借款的利率水平是否超標。其次，是對企業向關聯方支付的其他利息性質的費用是否符合《企業所得稅法》第四十一條的獨立交易原則，不符合的也要進行納稅調整。
第二：對于合理水平部分的利息支出，我們再進行防范資本弱化的債資比例審核。
首先，對于符合121號文第一條債資比例部分的利息支出，準予稅前扣除。
其次，超過標準部分的利息支出，按照實際支付給各關聯方利息占關聯方利息總額的比例，在各關聯方之間進行分配：
?、賹τ诜峙浣o境內關聯方的利息支出部分，企業如果能夠按照稅法及其實施條例的有關規定提供相關資料，并證明相關交易活動符合獨立交易原則的，或者該企業的實際稅負不高于境內關聯方的，超過標準的利息支出允許扣除。不符合上述條件的，超標部分的利息支出不允許扣除。
?、趯τ诜峙浣o境外關聯方利息支出部分，應視同分配的股息,按照股息和利息分別適用的所得稅稅率差補征企業所得稅，如已扣繳的所得稅稅款多于按股息計算應征所得稅稅款，多出的部分不予退稅。
這里有兩個問題需要說明：
?。ㄒ唬?21號文所說的“符合獨立交易原則”或“該企業的實際稅負不高于境內關聯方”，這兩個條件不是對立的?！蔼毩⒔灰自瓌t”是一個大原則，“該企業的實際稅負不高于境內關聯方”只是證明其交易符合獨立交易原則的一個條件。即如果該企業的實際稅負不高于境內關聯方，境內關聯方通過高債資比例進行避稅的動機就不存在了，在這種情況下，我們對于獨立交易原則的判斷就相對簡單，即只要該企業的實際稅負不高于境內關聯方，我們一般就認為他們的交易是符合獨立交易原則。如果該企業的稅負高于境內關聯方，他們就存在通過高債資比例進行避稅的動機。在這種情況下，我們就要求企業根據《規程》第八十九條規定提供相關資料，來證明雖然該企業的稅負高于境內關聯方，但這樣一個高的債資比例仍是符合獨立交易原則的。
?。ǘτ凇爸苯踊蜷g接實際支付給境外關聯方的利息應視同分配的股息,按照股息和利息分別適用的所得稅稅率差補征企業所得稅，如已扣繳的所得稅稅款多于按股息計算應征所得稅稅款，多出的部分不予退稅?！边@條規定主要有兩種考慮：一是按照協定和獨立交易基本原則要求，避免將協定變為有關逃避稅的庇護傘，即協定只解決正常交易的重復征稅問題，不保護不符合獨立交易原則的部分關聯交易，二是操作要求，征稅是相對容易的，補稅亦然，但退稅比較麻煩，同時，給予退稅，等于給了關聯交易一個公平的待遇，通過不予退稅，則限制了關聯交易的某部分交易的公平性，這是一種懲戒，就是要加大其風險。
四、案例分析
某工業企業2008年度發生如下借款支出：
1、向工商銀行借款100萬，合同約定利率10%，支付一年利息10萬元。同時，該筆貸款由一社會上獨立的擔保公司提供擔保，該公司支付擔保費5萬元。
2、向建設銀行貸款200萬，合同約定利率為8%，支付一年利息16萬元。該筆貸款由該工業企業的境內關聯企業A公司提供負有連帶責任的貸款擔保，該企業支付關聯企業A擔保費20萬元。假設同類同期貸款市場上獨立擔保公司提供擔保應收取的擔保費為15萬元。
3、該工業企業的境內母公司B公司通過招商銀行向該企業提供委托貸款，貸款金額1000萬，合同約定利率為9%，支付一年利息90萬。假設根據企業提供資料，稅務機關審核確認符合獨立交易原則。
4、該工業企業向境內一關聯企業C公司借款500萬元，支付一年利息75萬元。假設金融企業同類同期貸款利率為12%。假設根據企業提供資料，稅務機關審核確認不符合獨立交易原則。
5、該工業企業向境外M國的關聯方D公司外幣借款800萬（已折合人民幣），按15%支付一年利息120萬元。假設該企業通過境內銀行同類同期貸款利率為10%。該工業企業在支付利息時已支付扣繳D公司預提所得稅8.4萬元。
該工業企業2008年度各月平均所有者權益之和經計算為6000萬，2008年度各月平均關聯債權投資之和為30000萬。
該工業企業2008年實際稅負為20%，關聯企業A的實際稅負為25%，關聯企業B的實際稅負為15%，關聯企業C公司的實際稅負為18%。境外關聯方D公司的M國和我國有稅收協定，協定中對于利息征收預提所得稅的稅率為7%，股息為10%。
假設這些借款利息支出都是和企業取得應稅收入直接相關的。
解答：
第一步：相關性審核
符合相關性原則。
第二步：合理性審核
?。?）利息支出水平合理性審核
1、該企業向工商銀行貸款為非關聯方債權投資，根據《所得稅實施條例》第三十八條的規定，屬于是向金融企業的貸款，可以在稅前扣除。同時，該企業為該筆貸款向獨立的擔保機構支付的擔保費可以直接在稅前扣除。
2、該企業向建設銀行的貸款，是由其關聯企業A公司提供負有連帶責任貸款擔保，屬關聯方債權性投資。其中由于借款的利息是直接向金融機構支付的，可以扣除。但該企業向關聯方A公司支付的擔保費20萬元，屬于企業的實際利息支出，不符合獨立交易原則，只能扣除15萬元。
3、該企業向招商銀行的貸款，由于是其母公司通過無關聯第三方提供的，也屬于關聯方債權性投資。但由于是直接向金融機構借款的利息支出，直接可認定利息水平是合理的。
4、向關聯企業C公司的借款屬于關聯方債權性投資。該企業支付利息75萬，但銀行同類同期貸款利率為12%。符合獨立交易原則的利息水平是60萬，因此15萬部分不允許稅前扣除。
5、向境外關聯企業D公司的貸款屬于關聯方債權性投資。該企業支付利息120萬元。經稅務機關審核，符合獨立交易原則的利息水平應為80萬元。因此，40萬元部分不允許稅前扣除。
?。?）防范資本弱化的債資比例審核：
關聯方債資比例=30000/6000=5
標準債資比例=2
年度實際支付的關聯方債權性投資的實際利息支出=31 90 60 80=261
不可扣除的利息支出=261×（1-2/5）=156.6
1、建設銀行貸款由境內A企業提供擔保，A企業實際稅負為25%,由于該企業的實際稅負不高于關聯方，超比例部分利息支出允許扣除。
2、招商銀行貸款由境內B企業提供擔保，B企業實際稅負為15%，低于該工業企業。但由于該企業能提供資料證明這個債資比例是符合獨立交易原則的，因此，超比例部分利息支出仍允許扣除。
3、向境內關聯企業C公司貸款，C企業實際稅負為18%，低于該工業企業。同時根據企業的資料，稅務機關進一步確認其高債資比例不符合獨立交易原則，因此其超過部分利息支出36.02萬不允許稅前扣除
4、向境外D公司貸款支付的利息，超過標準比例的59.51萬不允許在企業所得稅前扣除。同時，根據《規程》第八十八條規定，59.51部分應視為股息，應補扣稅款1.79萬【59.51×(10%-7%)】
第三步：企業借款利息支出稅前扣除金額
其他規定：
該工業企業就關聯方債權性投資支付利息是否符合獨立交易原則應根據《規程》第八十九條規定提供資料。
關聯方C公司取得的該工業企業支付的不符合規定不允許稅前扣除的利息部分仍應確認為利息收入繳納企業所得稅。
